1983-1990 Klavierstudium in Basel und Wien. Bereits während dem Musikstudium übernahm Thomas Pfiffner Kulturmanagementaufgaben, u.a. bei der Serenata Basel (heute Kammerorchester Basel) und dem Klangforum Wien. 1991-1999 war er Programmleiter des CD-Labels pan classics, 1992-1996 darüber hinaus Geschäftsführer des Basler Musik Forums (Programmleitung: Heinz Holliger, Rudolf Kelterborn und Jürg Wyttenbach) sowie Recording Manager des Basler Sinfonie-Orchesters. 1996 bis 2005 prägte Thomas Pfiffner als Geschäftsleiter gemeinsam mit dem Chefdirigenten Howard Griffiths die Geschicke des Zürcher Kammerorchesters. Anschliessend wirkte er als Direktor und Intendant beim Musikkollegium Winterthur (Chefdirigent: Douglas Boyd). Seit 2014 ist er Geschäftsleiter der Orpheum Stiftung zur Förderung junger Solisten.
Neben seinen hauptberuflichen Verpflichtungen war Thomas Pfiffner Gründungsmitglied des Vereins Europäische Mozart-Wege in Salzburg, Präsident der Pocket Opera Company und des Kulturmanagement Forums. Für die AMAG lancierte er die Reihe «Audi Classical Experience». Zudem ist er als Veranstalter des Meisterzyklus Bern und – gemeinsam mit dem Pianisten Oliver Schnyder – der Reihe «Piano District» tätig. 1997 bis 2016 war er Mitglied des Stiftungsrates der Fondation SUISA (ab 2009 Vizepräsident, ab 2014 Präsident). Als Referent war er regelmässig bei der ZHdK und ZHAW zu Gast. Seit 2018 ist er Projektleiter des «career advancement program» der Günther Caspar Stiftung.
